W 2001 Mechner podpisał umowę z Ubisoft Montreal Studio. Owocem tej współpracy był wydany w 2003 roku Prince of Persia: The Sands of Time, który zdobył szerokie uznanie wśród graczy. Dużą rolę odegrało zarówno nowatorstwo pewnych elementów (manipulacja czasem gry – m.in. możliwość „przewinięcia” gry o kilka sekund wstecz), jak i bardzo wysoka jakość sfery plastycznej gry (zwłaszcza animacje – co w ciekawy sposób nawiązywało do pierwszej części z serii).
Rok później (2004) POP:SoT doczekało się kontynuacji – Prince of Persia: Warrior Within. W tej części książę stara się uchronić przed śmiercią, zmieniając bieg historii. Jest to najmroczniejsze i najbardziej brutalne dzieło Ubisoft. Tym razem Jordan Mechner nie uczestniczył w projekcie gry, ponieważ nie podobała mu się koncepcja księcia bardzo oddalona od jego własnej. Gra była tak jak jej młodszy brat, stworzona do sukcesu.