W 1535 król Zygmunt Stary przekazał miasto w zarząd dożywotni królowej Bonie. W 1538 wybudowano w mieście późnogotycki kościół. W 1539 król wydał przywilej nakazujący wybudować w mieście fortyfikacje, ratusz i sukiennice. Od 1558 do 1562 roku proboszczem był tu Marcin Kromer. W 1614 Mikołaj Wysocki z Kwoczan ufundował w mieście kościół i klasztor zakonu dominikanów. W 1625 w Rohatynie na pewien czas schronił się przed zarazą Symeon z ZamościaSkarbnica Wiedzy o Polskich Ormianach. Nota biograficzna autorstwa prof. UJ dra hab. Krzysztofa Stopki, powstała na potrzeby Polskiego Słownika Biograficznego. W 1648 zajęty przez powstańców kozackich Bohdana Chmielnickiego. W 1666 ponownie konsekrowano kościół farny. W II poł. XVIII w. starostwo rohatyńskie posiadał kasztelan Józef Bielski (Bilski).
Podczas I rozbioru Polski w 1772 roku Rohatyn został włączony do Austrii. W 1775 roku miasto jako odszkodowanie otrzymała księżna Zofia Lubomirska. Niedługo później wybudowano w mieście pałac. W 1784 r. władze austriackie skasowały klasztor dominikanów w Rohatynie. W 1852 roku w pobliżu miasta wybudowano linię kolejową Halicz-Tarnopol.