W 1949 został aresztowany przez Służbę Bezpieczeństwa, skazany na pracę w dolnośląskich kamieniołomach, uwolniony na mocy amnestii w 1951, nigdy nie został oficjalnie zrehabilitowany. Od 1951 kierował Zakładem Petrografii i Geochemii Głównego Instytutu Górniczego w Katowicach, gdzie zorganizował jedyny wówczas w Polsce Zakład Petrografii Węgla. W 1955 objął kierownictwo Katedry Mineralogii i Petrografii Węgla na Wydziale Górniczym Politechniki Śląskiej, w 1958 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1965 tytuł profesora zwyczajnego. W 1970 przeszedł na emeryturęZnane osoby związane z Instytutem Geologii Stosowanej, Wydział Górnictwa, Inżynierii Bezpieczeństwa i Automatyki Przemysłowej Politechniki Śląskiej. Zmarł nagle 1 kwietnia 1982 w Katowicach.
Praca naukowa Jan Kuhl prowadził badania z zakresu litologii i tektoniki Górnośląskiego Zagłębia Węglowego, geochemii i petrografii węgla brunatnego i węgla kamiennego oraz kopalin, które towarzyszą pokładom węgla. Badał drogi krążenia, genezę i użytkowanie metanu w Górnośląskim Zagłębiu Węglowym i dwutlenku węgla w Dolnośląskim Zagłębiu Węglowym. Interesował się samozapalnością węgla oraz metodami identyfikacji pokładów węgla za pomocą wskaźników niebiogenicznych. Jan Kuhl był autorem ok. 120 publikacji, 3 książek oraz promotorem 33 prac doktorskich.