Krukowieckiego.
W 1834 Fijałkowski zostaje dyrektorem oraz wykładowcą reaktywowanego Instytutu Położnictwa w Warszawie. Od 1838 zasiada w Radzie Lekarskiej Królestwa Polskiego i w następnym roku zostaje członkiem honorowym Paryskiego Towarzystwa Naukowego Fizyki i Chemii. Był współzałożycielem Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego i członkiem Towarzystwa Lekarskiego Wileńskiego, Towarzystwa Królewskiego Przyjaciół Nauk w Warszawie, Towarzystwa Dobroczynności.
W uznaniu zasług w 1829 Izydor Fijałkowski został odznaczony Orderem św. Stanisława a następnie św. Włodzimierza IV klasy. W roku 1840 zostało mu nadane szlachectwo i prawo do herbu Czarnowron.
Po przejściu na emeryturę zakupuje w 1851 majątek Zawidz i w następnym roku wyprowadza się z Warszawy. Przenosi się tam razem ze swoją drugą żoną Marianną Barbarą (z d. Mariańska)Pierwsza żona Marianna Wiktoria zmarła niedługo po ślubie oraz trójką dzieci: Zygmuntem, Tytusem i córką Lojolą Wandą.
W czerwcu 1853 umiera jego żona i w dwa lata później, 26 sierpnia 1855 w swoim majątku umiera Ignacy Dominik Fijałkowski. Pochowany został na cmentarzu w Zawidzu Kościelnym.
Publikacje W swojej pierwszej publikacji "Początki chirurgii" zawarł doświadczenia z pracy w wojsku: klasyfikację ran, sposoby usuwania ciał obcych, opatrywania i leczenia ran.