W 1993 roku został selekcjonerem rodzimej kadry z nadrzędnym zadaniem awansu do Euro 1996. Wprawdzie rozgrywki grupowe Austriacy zakończyli dopiero na czwartej pozycji i oczywiście nie pojechali do Anglii, ale jak się okazało Prohaska potrafił wyciągnąć doświadczenia z tamtego niepowodzeniu. Zaufano mu po raz kolejny i tym razem szefowie federacji nie zawiedli się. W kolejnych eliminacjach (do Mistrzostw Świata 1998) Austriacy pierwszy raz od ośmiu lat wywalczyli awans do Mundialu, wyprzedzając m.in. Szwedów oraz Szkotów.
Na turnieju drużyna prowadzona przez Prohaskę zaprezentowała się jednak bardzo słabo i już po trzech meczach musiała wracać do domu. Mimo niepowodzenia selekcjoner nie stracił posady. Został zwolniony dopiero rok później po porażce z Hiszpanią 0:9 w eliminacjach do Euro 2000. Po sześcioletniej przygodzie z kadrą Prohaska powrócił do Austrii Wiedeń, ale po kilku słabych meczach musiał zrezygnować.