Karl Wölky najpierw uczył się w szkole parafialnej w Dobrym Mieście, po jej ukończeniu został posłany do braniewskiego gimnazjum, gdzie pobierał naukę w latach 1834–1841. Gimnazjum z maturą ukończył 5 sierpnia 1841 i jesienią tegoż rozpoczął studia teologiczne na Uniwersytecie we Wrocławiu. Tam też 20 kwietnia 1844 r. po zaliczeniu piątego semestru zakończył naukę. Po krótkiej przerwie w nauce na podreperowanie zdrowia powrócił do Braniewa i 15 października 1844 podjął studia w katolickim seminarium duchownym w Braniewie, kończąc równocześnie w miejscowym Liceum Hosianum brakujący semestr do pełnego akademickiego triennium filozofii. 11 stycznia 1846 w katedrze we Fromborku otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa warmińskiego Josepha Geritza (który był zarazem jego wujem). Na pierwszą parafię został posłany do pobliskiej wsi Wielkie Wierzno, gdzie wspierał w posłudze kapłańskiej bardzo sędziwego już księdza Andreasa Lignera. Po krótkim ponownym pobycie na wrocławskiej uczelni podjął posługę duszpasterską jako wikariusz katedralny we Fromborku i nauczyciel gimnazjalny w Reszlu.