W 1704 kościół otrzymał późnobarokowy szczyt fasady zachodniej.
Klasztor bernardynów został wybudowany jako czworobok z wirydarzem i krużgankami o cennych wnętrzach w stylu późnego gotyku, przylega do niego drugi dziedziniec utworzony przez przedłużone skrzydło południowe, nawę kościoła i kaplicę oraz odgradzający od ulicy mur.
Sam kościół jest bazylikowy, bez transeptu, nawy nakryte są sklepieniami gwiaździstymi. W geometrii rzutu występują odchylenia od kąta prostego.
Wkrótce po ukończeniu zespołu klasztornego rada miejska zmusiła bernardynów do opuszczenia miasta; w roku 1522 w klasztorze został urządzony szpital, a później również szkoła i placówka pomocy społecznej, a kościół oddany został w 1526 ewangelikom, którzy ustanowili w nim parafię Nowego Miasta i mieli tu swoją siedzibę aż do końca II wojny światowej.