Prikaz kontrolował lokalną administrację, nadzorował sporządzanie ksiąg należności, oraz pobieraniem jasaku.
W styczniu 1706 roku na czele syberyjskiego prikazu stanął kniaź, Matwiej Gagarin.
Po ustanowieniu guberni syberyjskiej Gagarin został jej namiestnikiem i nadal stał na czele syberyjskiego prikazu.
Podczas I reformy regionalnej Piotra I (według dekretu z 18 grudnia 1708 r.) prikaz został przekształcony w Moskiewską kancelarię syberyjskiej guberni, a od 1710 r. faktycznie przestał istnieć, jako centralna instytucja państwowa. Funkcje prikazu od tego czasu zostały skupione w rękach gubernatora Syberii i kancelarii guberni w Tobolsku.
W 1708 roku Gagarin został mianowany „generalnym prezydentem”, gubernatorem moskiewskim. Pomimo miana gubernatora Syberii, pozostał „prezydentem” Syberyjskiego prikazu mieszkającym w Tobolsku. Dekrety były podpisywane przez komisarza Danila Nikitina.
W 1718 roku, po odwołaniu kniazia Gagarina ze stanowiska, Syberyjski prikaz otrzymał takie same uprawnienia, jak kolegia państwowe i stał się zależny od Senatu Rządzącego.