Zajmował się głównie badaniami dotyczącymi zwalczania chorób ryżu, pszenicy i bawełny, a w międzyczasie uczył także mykologii i patologii roślin.
Od wczesnych lat trzydziestych Deng Shuqun skupił się na ekologii leśnictwa. Zorganizował zespół badawczy przy wsparciu grantowym Ministerstwa Rolnictwa i Leśnictwa. W 1939 roku on i jego 12 młodych kolegów spędzili kilka miesięcy na badaniu dziewiczych lasów prowincji Syczuan, Junnan i Xikang w południowo-zachodnich Chinach.
Gdy w 1937 roku Japończycy dokonali inwazji na Chiny, Deng Shuqun i jego współpracownicy spakowali i wysłali w 1940 roku przez Półwysep Indochiński ponad 2000 chińskich okazów grzybów do Uniwersytetu Cornella w Stanach Zjednoczonych.
W 1941 roku Deng wraz z rodziną przeniósł się do Zhuoni w prowincji Gansu, do lasów centralnej części rzeki Tao He. Do Nankinu wrócił w 1946 roku po wygranej przez Chiny wojnie z Japonią. Odbudował laboratorium grzybów i założył laboratorium ekologii lasu w Instytucie Botaniki Academia Sinica. W 1948 roku został akademikiem Academia Sinica. W latach 1950–1955 został tymczasowo mianowany dziekanem Shenyang Agriculture College i wicekanclerzem Northeast Agriculture College. Wtedy cały swój czas i energię poświęcił na budowę tych dwóch nowych uczelni.