Następnie w ratuszu przesłuchano ochmistrza Něpra, a pozostałą trójkę przesłuchano w budynku sądu. Byli tam poddawani torturom, jednak Něpr, Puchnik i Knobloch odzyskali wolność. Jan był już wówczas bliski śmierci, dlatego dostojnicy królewscy postanowili go związać, zakneblować, przenieść na most Karola i wrzucić do Wełtawy. Jego ciało wyłowiono następnego dnia i pochowano w kościele Świętego Krzyża, a po trzech latach przeniesiono do grobowca w praskiej katedrze Św. Wita. W latach 1733–1736 w południowym ramieniu obejścia (ambitu) wzniesiono mu srebrny nagrobek – dzieło wiedeńskiego złotnika Josepha Würtha.
Jedna z teorii na temat jego śmierci mówi, że Nepomucen nie chciał zdradzić tajemnicy spowiedzi żony króla Zofii Bawarskiej. Wacław IV planował wystarać się o stwierdzenie nieważności małżeństwa, by móc poślubić księżniczkę aragońską Joannę. Zofia miała w tej sprawie zasięgnąć rady u wikariusza generalnego, podczas spowiedzi.
Kult Kult św. Jana Nepomucena rozwijali głównie jezuici, rozprzestrzenił się on na ościenne kraje, trafił między innymi do Polski, Austrii i Niemiec.
Jan Nepomucen został beatyfikowany w 1721 roku przez Innocentego XIII, a kanonizowany 19 marca 1729 przez Benedykta XIII.