Szlak bojowy pułku to następujące miejscowości: Jarosław, Jaworów, Gródek Jagielloński i Lwów.
Nocą z 15 na 16 września w okolicach wsi Mużyłowice i Czarnokońce doszło do bitwy pod Jaworowem, podczas której 49 Huculski pułk strzelców przebijając się w kierunku Lwowa natarł na pozycje pułku SS „Germania”. W wyniku polskiej szarży na bagnety pułk uległ panice oraz rozproszeniu, ponadto utracił wszystkie działa i samochody. Podczas walk poległ też dowódca III batalionu SS-Obersturmbannführer Willy Köppen oraz adiutant pułku SS-Obersturmführer Rudolf Schomburg. Reorganizacja pułku zajęła kilka dni. Po upadku Lwowa został odesłany do Niemiec. W ramach kary żołnierze pułku dostali dwumiesięczny zakaz noszenia naramiennych naszywek z nazwą jednostki.
Dalsze losy W październiku 1939 w ramach reorganizacji dywizji SS, spowodowanej małą skutecznością oddziałów podczas walk w Polsce, pułk został przydzielony do utworzonej na poligonach w Milovicach i Pilźnie, leżących na obszarze Protektoratu Czech i Moraw, nowej Dywizji Dyspozycyjnej SS (SS-Verfüngungs Division). 1 stycznia 1940 (według innych źródeł 12 stycznia) pułk w ramach dywizji stał się częścią Waffen SS, które miało obejmować wszystkie bojowe formacje SS.