Wschodnia część trasy została najpierw położona na równi pływowej, następnie na ufortyfikowanej zaporze z piasku, a gdy ta nie wytrzymała fal sztormowych, została zastąpiona w dwóch miejscach mostem palowym w 1895 i 1896 roku, który z kolei w 1910 roku został ponownie przekształcony w groblę. Ryzyko ekonomiczne związane z obsługą linii okazało się zbyt duże dla prywatnej firmy, w efekcie czego w 1902 roku doszło do powstania spółki akcyjnej pomiędzy Habich & Goth a AG Ems, która otrzymała nazwę Borkumer Kleinbahn- und Dampfschiffahrt-AG.
W 1902 roku po tym, jak cesarz Wilhelm II nadał wyspie Borkum status twierdzy morskiej, linia między molo a miastem Borkum została rozbudowana przy pomocy Cesarstwa Niemieckiego do trasy dwutorowej. Celem zwiększenia ilości torów był transport materiałów budowlanych oraz ruch wojskowy. W trakcie I wojny światowej twierdza morska Borkum nie odegrała żadnej roli, a w kierunku wyspy nie padł ani jeden strzał.
Szkody spowodowane nalotami w czasie II wojny światowej były ograniczone. Podczas najbardziej gwałtownego nalotu na obiekty kolejowe w dniu 5 sierpnia 1944 roku zniszczeniu uległy niektóre odcinki w okolicy Borkum oraz parowóz.