Jego aktywność, zwłaszcza zaś jej wyrazisty, nacjonalistyczny posmak zwróciła nań uwagę hiszpańskich władz kolonialnych, ostatecznie doprowadzając do oskarżenia go o podżeganie do buntu. Po pokazowym procesie skazany na śmierć i stracony, wraz z dwoma innymi księżmi, Mariano Gómezem i Jacinto Zamorą. Niedługo przed swoją egzekucją napisał pożegnalne przesłanie do rodaków, podkreślając w nim kluczowe znaczenie edukacji, zwłaszcza też wolnej od hiszpańskiej cenzury. Pochowany został, podobnie jak jego towarzysze, na manilskim cmentarzu Paco, tym samym, na którym przeszło dwie dekady później pogrzebano José Rizala.
Uznawany za jednego z pierwszych męczenników filipińskiego nacjonalizmu, odegrał znaczącą rolę w rodzącym się filipińskim ruchu niepodległościowym, tak przez swoje czyny, jak i jako inspiracja. Bliski przyjaciel i powiernik Paciano Rizala. Jego tragiczna śmierć była wstrząsem także dla José Rizala, co znalazło odzwierciedlenie w jego powieści El filibusterismo.