Chociaż w kolejnych sezonach spędzonych w Bayerze Berbatow nie powtórzył już tych wyników, to w ciągu swojej pięcioletniej przygody w lidze niemieckiej wyrósł na jednego z najbardziej interesujących napastników Europy; tak przez dokonania na boisku (łącznie 69 goli, III miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców Bundesligi sezonu 2004–2005), jak i poza nim (romans z tancerką erotyczną).

Tottenham W maju 2006 roku odszedł do Tottenhamu Hotspur za szesnaście milionów euro (stał się tym samym najdroższym piłkarzem bułgarskim). W sezonie 2006–2007 dotarł z zespołem prowadzonym przez Martina Jola do ćwierćfinału Pucharu UEFA oraz zajął piąte miejsce w Premier League, w której strzelił 12 bramek. Przez kibiców Tottenhamu został wybrany na najlepszego zawodnika klubu w tych rozgrywkach, ponadto trafił do jedenastki sezonu. Dobre występy w barwach Tottenhamu zaowocowały propozycją transferu do Chelsea F.C., ale Berbatow odmówił. Tuż po rozpoczęciu rozgrywek 2007–2008 do Tottenhamu wpłynęła oferta Manchester United, który chciał pozyskać Bułgara za 25 milionów funtów.