Za działalność nazistowską został w czerwcu 1933 r. aresztowany przez władze austriackie i skazany na dwa lata pozbawienia wolności. 30 sierpnia tego samego roku został uwolniony przez grupę czterech SA-manów, którzy wdarli się zbrojnie do więzienia w Innsbrucku w celu odbicia Hofera. Ranny w czasie ucieczki, zdołał dotrzeć do granicy Włoch, skąd dotarł do Niemiec i dwa tygodnie później, leżąc na noszach, przemawiał na wiecu NSDAP w NorymberdzePatrick K. O’Donnell, Odwazyli się wrócić, wyd. Świat Książki, Warszawa, 2013, s. 70, .. Ta ucieczka zapewniła mu dużą popularność w partii i dała największe wpływy spośród innych uciekinierów z Austrii. Dzięki bliskim kontaktom m.in. z Rudolfem Hessem i Martinem Bormannem utworzył komisję pomocy uciekinierom z Austrii, która m.in. opłacała przewodników pomagających w pokonywaniu granicy.
Podczas aneksji Austrii (Anschluss) pozostał w Berlinie, w efekcie nie był w stanie powstrzymać konkurencyjnej frakcji Edmunda Christopha od przejęcia władzy w Innsbrucku. Ludzie Christopha dzięki mobilizacji 40 tys. działaczy, aktywistów i bojowników opanowali Tyrol jeszcze przed nadejściem wojsk niemieckich i zaczęli tworzyć zręby administracji regionalnej i policji.