Jednakże ustanowiona w Hiszpanii w roku 1480 Święta inkwizycja wkrótce zaczęła podejrzewać, że jest to tekst heretycki i w 1482 rozpoczęło się dochodzenie. Po długim procesie Daniel Vives w roku 1486 został uznany za odpowiadającego za to wydanie Biblii i skazany na karę wysokiej grzywny oraz utratę praw obywatelskich. Nakazano też spalić wszystkie jej kopie, niszcząc wydane egzemplarze z dużym zaangażowaniem.
Odkrycie karty z Biblia Valenciana Jedyny egzemplarz miał się uchować na Zamku Królewskim w Sztokholmie jednak spłonął w pożarze z 1697 roku. Działania inkwizycji mające na celu zniszczenie dzieła były na tyle skuteczne, że przez kilka wieków samo istnienie tego przekładu było kwestionowane. Dopiero w XIX wieku odkryto nieznany wcześniej Psałterz, którego tekst pochodził z Biblia Valenciana (został on opublikowany w roku 1993 przez Jordiego Venturę w książce La Bíblia valenciana: recuperació de la història d'un incunable en català).