Od śmierci ojca w 1849 roku domem Nietzschego zarządzały kobiety: babka, ciotki, młoda jeszcze matka i siostra Elisabeth (która wyszła później za mąż, za niemieckiego nacjonalistę Bernharda Förstera, i przybrała dwa nazwiska, nazywając się od tej pory: Elisabeth Förster-Nietzsche). W 1850 roku, cała rodzina przeniosła się do Naumburga (Saale), gdzie Nietzsche rozpoczął naukę w szkole miejskiej, którą kontynuował w gimnazjum przykatedralnym. W tym czasie samodzielnie zapoznał się z klasyczną muzyką niemiecką – dziełami Bacha, Händla, Mozarta, Haydna, Beethovena i Schuberta. Po ukończeniu gimnazjum zaproponowano mu bezpłatne kontynuowanie edukacji w Pforcie, gdzie odkrył poezję zupełnie nieznanego w tym czasie w Niemczech Hölderlina i uznał jego wielkość.
thumb|Nietzsche w 1861 thumb|Nietzsche w 1864 W październiku 1864 Nietzsche zapisał się na Uniwersytet w Bonn. Podjął tam studia w zakresie filologii klasycznej, teologii, historii Kościoła i sztuki. Zapoznał się wtedy z książką Davida Straussa Das Leben Jesu. Kritisch bearbeitet (1835), która poddawała Biblię analizie filologicznej, wskazując zdaniem autora na jej mityczne podłoże oraz zawarte w jej księgach bardzo liczne sprzeczności w opisie zdarzeń (w tym wielu cudów)Książki na język polski nie przetłumaczono. Tutaj dostępny przekład angielski..