24 stycznia 1920 został dyrektorem nowo utworzonego męskiego Seminarium Nauczycielskiego w LubawieWojciech Wielgoszewski, Nauczyciel bożego ładu „Niedziela - Głos z Torunia” Nr 10 (951), R.LVI, Toruń 2013., jednocześnie nauczając matematyki i religii. W kwietniu 1922 powrócił do nauczania w Collegium Marianum w Pelplinie. W 1933 przeszedł na emeryturę. Został uhonorowany przez biskupa Stanisława Okoniewskiego tytułem radcy duchownego ad honores.
Po wybuchu II wojny światowej, 20 października 1939, został aresztowany przez Niemców i przewieziony wraz z innymi kapłanami do koszar wojskowych w Tczewie, tam był katowany, a następnie rozstrzelany. W końcu października 1945 ekshumowano pomordowanych tczewian i pelplińskich księży. Ciało ks. Jana Zaremby rozpoznano w grobie odległym kilometr od koszar na terenie tzw. prochowni.