Król oznajmił także Magellanowi, że po 15 maja 1514 roku nie będzie już dalej zatrudniony w królewskiej służbie. W roku 1517 Magellan – za zezwoleniem króla – formalnie wyrzekł się obywatelstwa i wyjechał, aby zaoferować swoje usługi dworowi Hiszpanii, zmieniając jednocześnie swoje nazwisko Fernão de Magalhães na Fernando de Magallanes.

Plany opłynięcia świata thumb|Stocznie nad Gwadalkiwirem w Sewilli Magellan dotarł do Sewilli 20 października 1517 roku, a stamtąd udał się do Valladolid, aby spotkać się z nastoletnim królem, Karolem I (późniejszym władcą Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Karolem V).

Korzystając z pomocy Juana de Aranda, jednego z trzech głównych oficjeli Domu Indyjskiego w Sewilli, i innych przyjaciół, zwłaszcza Portugalczyka Dioga Barbosy, Magellan naturalizował się jako Hiszpan. Zyskując w Sewilli znaczne wpływy, zdobył posłuchanie u króla Karola i potężnego Juana Rodrigeza de Fonseca, biskupa Burgos (niegdyś przeciwnika Krzysztofa Kolumba).