W 1691 roku został przeorem klasztoru dominikanów w Płocku, w 1694 roku – w Łęczycy, w 1704 roku – przeorem w Elblągu i sekretarzem prowincji zakonnej, a od roku 1705 był przeorem w Warszawie.
Równolegle z pracą pedagogiczną i administracyjną w zakonie zajmował się głoszeniem kazań dla wiernych w wielu miastach Polski, w czym także zyskał uznanie mimo wady wymowy polegającej na seplenieniu.
Pruski historyk i bibliofil David Braun, który osobiście zetknął się z Bardzińskim na dworze jego mecenasa, wojewody pomorskiego Władysława Łosia, zapisał, że Bardziński źle znosił osiadły tryb życia w klasztorze, przez całe życie lubił podróżować po Polsce i doskonale orientował się w topografii kraju. Jako kaznodzieja wiele podróżował, utrzymywał kontakty z Andrzejem Żydowskim.
Jan Alan Bardziński zmarł w Warszawie 29 sierpnia (Rusnak podaje: przed 29 marca) 1708 roku jako ofiara wielkiej epidemii dżumy.