4 września 1939 ORP „Orzeł” został uszkodzony. 14 września okręt przybił do neutralnego Tallinna celem usunięcia uszkodzeń. Dzień później ORP „Orzeł” został internowany, rozbrojony, a mapy nawigacyjne – zarekwirowane. W nocy z 17 na 18 września 1939 roku załodze udało się mimo ostrzału wyprowadzić okręt z portu. Ucieczka ta była możliwa dzięki samodzielnie opracowanym mapom, które zostały wykonane przez oficera nawigacyjnego okrętu, podporucznika Mariana Mokrskiego na podstawie spisu latarni morskich. Podporucznik Stanisław Pierzchlewski, mając odpowiedni zasób wiedzy po niedawno ukończonej szkole podchorążych, również miał swój czynny udział w opracowywaniu tych map.
W październiku 1939 okręt dopłynął do Wielkiej Brytanii, gdzie został poddany niezbędnym pracom remontowym. 16 listopada 1939 Wódz Naczelny, generał Władysław Sikorski, dokonał dekoracji orderami zasłużonych członków załogi ORP „Orzeł”. Wśród wyróżnionych znalazł się podporucznik Stanisław Pierzchlewski, odznaczony Krzyżem Walecznych.
Służba na ORP „Burza”