W 2006 spotykała się z aktorem Vince’em Vaughnem, który był jej partnerem w komedii Sztuka zrywania. Po niecałym roku para rozstała się, pozostając w zadeklarowanej przyjaźni. Aktorce przypisywano również krótki romans z brytyjskim modelem Paulem Scaulforem. W kwietniu 2008 rozpoczęła kontrowersyjny i pilnie śledzony przez prasę romans z muzykiem Johnem Mayerem. Mimo że Aniston i Mayer rozstali się na krótko w 2008, to oboje potwierdzali aktualność związku w licznych wywiadach. Przy wręczeniu Oscarów w lutym 2009 Aniston i Mayer wystąpili po raz pierwszy oficjalnie jako para. Wystąpienie z Mayerem było dla Aniston pierwszym oficjalnym wystąpieniem z nowym partnerem od czasu rozwodu z Pittem w 2005. Dwa tygodnie później Mayer i Aniston ponownie się rozstali.
Została matką chrzestną Coco Riley, córki Courteney Cox, z którą występowała w serialu Przyjaciele.
Po wspólnej pracy nad filmem Raj na ziemi, od 2011 zaczęła spotykać się z aktorem Justinem Therouxem. Zaręczyli się w sierpniu 2012, a 5 sierpnia 2015 odbyła się niewiążąca prawnie ceremonia ślubna w ich posiadłości.