Zdobyła pozytywne recenzje za występ w komediodramacie Moja miłość (The Object of My Affection, 1998) i niskobudżetowej produkcji Życiowe rozterki (2002).
Jej pierwszym kasowym hitem był Bruce Wszechmogący (2003), w którym zagrała u boku Jima Carreya. Nadchodzi Polly (2004), w którym jej partnerem był Ben Stiller, również cieszył się dużą popularnością. W 2005 próbowała bez powodzenia wykazać się w poważnej roli, występując w dreszczowcu Wykolejony. Po tej porażce powróciła do ról komediowych, występując w kasowych hitach Z ust do ust (2005) i Sztuka zrywania (2006).
W święta Bożego Narodzenia 2008 trafiła do kin komedia Marley & Ja, w której Aniston występuje u boku Owena Wilsona. W lutym 2009 miała premierę następna komedia z Aniston, Kobiety pragną bardziej, i pomimo podzielonych opinii uplasowała się na pierwszym miejscu kinowej listy przebojów.
Wraz z Bradem Pittem i Bradem Greyem Aniston założyła firmę „Plan B Entertainment”, która była współproducentem filmów Troja, Charlie i fabryka czekolady i Infiltracja. Po rozwodzie z Pittem w 2005 sprzedała swoje udziały w firmie. W 2008 wraz z Kristin Hahn założyła Echo Films.