Po odkryciu swojej pasji do aktorstwa w wieku 11 lat w szkole, Aniston uczęszczała do Fiorello H. LaGuardia High School of Music & Art and Performing Arts na Manhattanie, gdzie dołączyła do szkolnego kółka teatralnego. Wystąpiła w przedstawieniach: Znak w oknie Sidneya Brusteina Lorraine Hansberry i Trzy siostry Antona Czechowa. W 1999 zerwała kontakty z matką po wydaniu przez nią książki biograficznej pt. From Mother and Daughter to Friends.
Kariera Po ukończeniu szkoły występowała w sztukach off-broadwayowskich – Taniec na grobie Checkersa (Dancing on Checker’s Grave, 1987) jako Lisa i For Dear Life (1988–1989) w roli Emily u boku Tony’ego Shalhouba. Jednocześnie dorabiała na utrzymanie, pracując na pół etatu w telemarketingu, a także jako kurier rowerowy i kelnerka. W 1989 przeprowadziła się do Hollywood.
thumb|180px|Jennifer Aniston (2008)
Po raz pierwszy trafiła na ekran jako widz (nie wymieniona w czołówce) w komedii fantastycznonaukowej Mac i ja (Mac and Me, 1988) z Christine Ebersole. Pojawiła się potem w siedmiu odcinkach sitcomu Fox Molloy (1990) z Mayim Bialik jako skupiona na sobie nastolatka Courtney Walker.