Był zagorzałym przeciwnikiem popularnej pod koniec XIX w. ideologii zwanej rasizmem naukowym (scientific racism), którego podstawą było założenie, że rasa człowieka jest uwarunkowana biologicznie, a zachowania ludzkie od niej zależne. W cyklu studiów nad szkieletem człowieka Boas udowodnił, że kształt i wielkość czaszki są w dużym stopniu zmienne, uzależnione od czynników otoczenia, np. zdrowia czy odżywienia organizmu. Zwolennicy teorii naukowego rasizmu uważali kształt głowy za niezmienną cechę rasową.
Uważał, że różnice w zachowaniu ludzkim nie są determinowane wrodzonymi czynnikami biologicznymi, ale są wynikiem różnic kulturowych, nabytych w ciągu wychowania w danym społeczeństwie. Boas uznawał kulturę za najważniejszy czynnik kierujący zachowaniem różnych grup ludzkich. Stała się ona zatem głównym przedmiotem jego analizy antropologicznej.
Był również przeciwnikiem popularnego wówczas ewolucjonizmu w naukach społecznych. Zwolennicy tej teorii zakładali, że wszystkie społeczeństwa przechodzą przez kolejne fazy rozwoju techniki i kultury, którego szczytem jest cywilizacja zachodnioeuropejska.