Kościół został ponownie przebudowany w XIII wieku.
Jedyny widok kościoła z tamtych czasów zachował się na mapie Jacopa de’ Barbari z 1500 roku. Budynek wygląda jak jednorodna bryła, przekryta dachem dwuspadowym, co mogłoby sugerować, że jego wnętrze było jednonawowe. Jednak obecny, trzynawowy plan kościoła i obecność w nim starych kolumn, wykorzystanych w kolejnych przebudowach, sugerują, że kościół od początku był wzniesiony jako bazylika.
Na początku XVIII wieku kościół pod kierunkiem Domenica Marguttiego został ponownie przebudowany. Renowacji wnętrza dokonano w latach 1750–1755, przypuszczalnie na zlecenie miejskiego wydziału sanitarnego, który niepokoił się obecnością ofiar dżumy pochowanych pod posadzką po epidemii z 1630 roku i z tego powodu zalecił położenie nowej posadzki. Prace restauracyjne w XIX wieku ujawniły jednak, że stara posadzka pozostała nienaruszona pod nową. W 1757 roku zrealizowano nową fasadę świątyni według projektu przypisywanego Giorgiowi Massariemu.