ustroju Inflant na przełomie średniowiecza i nowożytności.

W 1980–1981 aktywnie zaangażował się w działalność NSZZ „Solidarność”. W 1989 znalazł się wśród założycieli toruńskiej grupy Ruchu Obywatelskiego Akcji Demokratycznej.

W 1991, zważywszy na znajomość przez Kostrzaka problematyki odrodzonych państw bałtyckich, otrzymał propozycję dołączenia do polskiej służby dyplomatycznej. W kwietniu 1992 został I sekretarzem ambasady RP w Rydze, jednocześnie organizując placówkę w Tallinnie, którą od sierpnia 1992 do stycznia 1995 kierował jako chargé d’affaires. W styczniu 1995 objął kierownictwo Konsulatu Generalnego RP w Królewcu. W tym czasie m.in. zainicjował budowę nowej siedziby placówki oraz z powodzeniem wspierał polskiego proboszcza w uzyskaniu działki pod budowę kościoła. Kadencję zakończył 31 sierpnia 1996.

W sierpniu 1996 przeniósł się do Pracowni Dziejów Europy Środkowo-Wschodniej XIX–XX w. Instytutu Historii PAN w Warszawie. Badał tam najnowszą historię państw bałtyckich. Przygotowywał książkę o losach Królewca bezpośrednio po II wojnie światowej.