24 maja 1680, w wyniku uderzenia pioruna w wieży wybuchł kolejny pożar, w wyniku którego spłonął hełm wieży, zegar, stopił się dzwon, a sama wieża wypaliła się do połowyJanina Bieniarzówna, Jan M. Małecki: Dzieje Krakowa. T. 2. Kraków, 1994, s. 419.. Po pożarze powołano komisję do oszacowania strat, której przewodniczył architekt i jezuita Stanisław Solski. Wtedy wybudowano zachowaną do dziś szkarpę od strony zachodniej. Odbudowę wieży w latach 1683według dannych Kazimierza Kaczmarczyka z 1681 → zob.: -1686 prowadził królewski architekt Piotr Beber. Podwyższył on wieżę, zaprojektował nowy hełm w stylu barokowymwedług dannych Kazimierza Kaczmarczyka miał cechy flamandzkiego Renesansu → zob.: , ale już bez zegara. Praca królewskiego architekta nie była chyba zbyt solidna skoro w 1702 odnotowano, że hełm wieży „był w ruinie”Michał Rożek, „Przewodnik po zabytkach i kulturze Krakowa”, wyd. PWN, Kraków 1989, s.151. Barokowe zwieńczenie wieży przetrwało jednak do 1783 roku. Wówczas rozebrano walący się, zrujnowany hełm i zastąpiono go, ufundowanym przez biskupa Kajetana Sołtyka i króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, skromniejszą wersją wcześniejszego hełmu. W 1713 roku wzmiankowano, że wieża ratusza grozi bliską ruiną, w związku z tym przemurowano część ścian, a w latach 1779-1780 usunięto gotyckie wykusze.