Osłaniała ona gotycki, XIV-wieczny portal głównego wejścia, który został odnowiony w 1893 roku M.in. wymieniono wówczas szereg zniszczonych fragmentów kamiennychMarek Żukow-Karczewski, Nie istniejące budowle Krakowa. Dzwonnica kościoła Dominikanów (św. Trójcy), „Echo Krakowa”, 249 (13561) 1991..
Kres świetności kościoła położył straszliwy pożar Krakowa w 1850 roku. Wypaliło się całe wnętrze z wyjątkiem niektórych kaplic, runęło sklepienie nawy. Natychmiast po pożarze przystąpiono do kompleksowej rekonstrukcji świątyni. Prace trwały w latach 1850-1884, a kierował nimi architekt Teofil Żebrawski. Przepalone mury były tak słabe, że musiano rozebrać część grożącej zawaleniem fasady. Po przystąpieniu do odbudowy okazało się, że i niższe partie ścian i filarów są zbyt uszkodzone, aby mogły udźwignąć ciężar nowego sklepienia. Podparto zatem prowizorycznie filary drewnianymi stemplami i ściśnięto metalowymi obręczami. W latach 1853–1854 tempo odbudowy było bardzo powolne, ale m.in. udało się sprowadzić nowe witraże autorstwa niemieckiego artysty Hübnera. W roku następnym prace budowlane podjęto na nowo, podpierając rysujące się mury i nakrywając je sklepieniem wspartym na filarach ceglanych, przekładanych jedynie kamieniem.