Dom północny stał się w 1464 za pośrednictwem Jana Długosza własnością Akademii Krakowskiej i przez kolejne osiemdziesiąt lat pełnił funkcję bursy dla węgierskich studentów Akademii. W 1776 został zakupiony na licytacji przez S. Glixellego, który przeprowadził gruntowny remont, m.in. usuwając gotycką kamieniarkę. W 1818 otworzył on w budynku dom zajezdny, urządzając na parterze traktiernię, na piętrze pokoje gościnne, w sieni wozownię, a w oficynie stajnię. Dom południowy przez cały okres od połowy XV do połowy XIX wieku pozostawał własnością mieszczańską. Obie kamienice spłonęły podczas wielkiego pożaru Krakowa w 1850.
Kamienica Gostkowskich powstała w latach 1851–1852 w wyniku odbudowy i scalenia obu budynków według projektu Bogumiła Trennera dla R. Gostkowskiego. Podczas prac wzniesiono też nową klatkę schodową i oficyny oraz zaadaptowano pierwsze piętro na mieszkania. W latach 1934–1935 przekształcono otwory w parterze fasady oraz usunięto kolumnę międzyokienną, będącą ostatnim zachowanym elementem dekoracji nowożytnej.