Trzykrotnie był trenerem pierwszego zespołu Pogoni Szczecin: po raz pierwszy w 1970 r. (przez pierwsze półrocze), potem przez niemal trzy lata - w sezonach 1982/83, 1983/84 i 1984/85 (do marca), wreszcie od wiosny do jesieni 1989 r. Pod jego kierownictwem zespół osiągnął swoje najlepsze wówczas wyniki w historii. W 1971 r., kiedy to po kilkumiesięcznym pełnieniu obowiązków pierwszego trenera Ksol był drugim trenerem (pierwszym był Czech ), Pogoń zajęła najwyższe do tego czasu, 4. miejsce w lidze. Wynik ten powtórzyła pod kierownictwem Eugeniusza Ksola w sezonie 1982/83, a w następnym sezonie po raz pierwszy w historii klubu zajęła miejsce na podium (3. miejsce) i awansowała do Pucharu UEFA. Eugeniusz Ksol prowadził Pogoń w 117 meczach w I lidze i do niego przez wiele lat należał klubowy rekord pod tym względem - przewyższył go dopiero w 2021 r. Kosta Runjaić.
Poza Pogonią Szczecin nie prowadził klubów pierwszoligowych. W pierwszej połowie lat siedemdziesiątych pracował w USA i z drużyną zdobył puchar kraju. Dwukrotnie też prowadził drużynę Stilonu Gorzów i dwa razy wywalczył z nią awans do II ligi (w 1978 r. i w 1986 r., po odejściu z Pogoni).