W związku z tym w latach 1752–1754 przeprowadzono na podstawie planów Georga Wenzeslausa von Knobelsdorffa oraz pod kierownictwem Johanna Boumana i Carla Ludwiga Hildebrandta przebudowę południowej fasady świątyni na wzór Bazyliki Matki Bożej Większej w Rzymie. W 1795 roku, podczas prac remontowych kościół uległ całkowitemu zniszczeniu wskutek pożaru. Po tym zdarzeniu wieżę i mury świątyni rozebrano, a pozyskane w ten sposób cegły zostały wykorzystane do budowy Schauspielhausu (pol. „Dom widowiskowy”) na placu Alter Markt. Pozostawiono tylko fasadę Knobelsdorffa, która przetrwała do 1811 roku.
Obecny kościół thumb|Projekt nowego kościoła autorstwa Friedricha Gilly’ego, przerysowany przez Carla Krügera na potrzeby jednej z publikacji Friedricha Mielkego thumb|Kościół w 1838 roku thumb|Ruiny kościoła w 1947 roku Już w 1796 roku architekt Friedrich Gilly naszkicował plany nowego kościoła św. Mikołaja. W 1826 roku król Fryderyk Wilhelm III zlecił zaprojektowanie świątyni Karlowi Friedrichowi Schinklowi. Architekt postanowił stworzyć klasycystyczną, dużą, posiadającą kopułę budowlę inspirowaną m.in. londyńską katedrą św. Pawła zaprojektowaną przez Christophera Wrena. 3 września 1830 roku położono kamień węgielny pod budowę kościoła.