W połowie XVII wieku Bonifratrzy dokupili Kamienicę Pudełkowską, sąsiadującą z kościołem od północy, będącą w latach 1564–1582 własnością kuśnierza Adama Pudełki, a od 1632 Trzebińskich, i włączyli ją do zabudowań klasztornych jako wschodnie skrzydło. W 1697 nabyli kolejny budynek – dom przy ulicy św. Marka, sąsiadujący z klasztorem od zachodu, zwany Kamienicą Kącką, należący wcześniej m.in. do Michałowiczów i Kąckich.

W 1719 do zespołu bonifraterskiego dołączono wysuniętą najbardziej na północ Kamienicę Cyrusowską, której początki sięgały XV wieku. Od drugiej ćwierci XVI wieku do II połowy XVII wieku należała do rodziny Cyrusów, po czym, w 1691, przeszła na własność Jerzego Pipana. W 1693 była już dwupiętrowa oraz miała dwupiętrową oficynę. Od 1695 należała do Jerzego Pinocciego, który zapisał ją w spadku klasztorowi Bonifratrów. Nie została ona bezpośrednio połączona z zabudowaniami klasztoru, lecz przeznaczona do dzierżawy, m.in. w 1798 dzierżawił ją Franciszek Bocheński.