Roll: German U-Boat Commanders, s. 238.. Objął wówczas dowództwo 3. Flotylli, które sprawował do marca 1942 roku, następnie do marca 1944 roku pełnił funkcje sztabowe w dowództwie okrętów podwodnych.
1 kwietnia 1943 roku otrzymał awans do stopnia korvettenkapitäna. W marcu 1944 roku objął dowództwo sekcji II szkoły morskiej w Szlezwiku, które sprawował do maja 1945 roku, kiedy objął dowództwo batalionu Policji Wehrmachtu, sprawowane do sierpnia 1945 roku. W tym miesiącu został ustanowiony dowódcą szkoły morskiej w Mürwiku, a także obozu jenieckiego Hans Krey Camp, które to funkcje sprawował z nadania zwycięskich aliantów do listopada 1945 roku.
Odznaczony Krzyżem Rycerskim z dniem 1 marca 1940 roku, jako 3. w Kriegsmarine i 2. w U-Bootwaffe. 12 czerwca 1941 roku otrzymał Liście Dębu jako 15. w Wehrmachcie, 6. w Kriegsmarine i 6. we flocie podwodnej. Herbert Schultze był jednym z najskuteczniejszych dowódców okrętów podwodnych w prowadzonej przez Niemcy wojnie o przerwanie łańcucha dostaw morskich do Wielkiej Brytanii. W trakcie ośmiu przeprowadzonych patroli zatopił 26 statków o łącznym tonażu 171 000 BRTE. Möller, W. Brack: The Encyclopedia of U-Boats, s. 193..