Zaraz po ukończeniu studiów, w lutym 1939 roku rozpoczął pracę jako inżynier rolnik w majątku Sawicze koło Baranowicz (własność rodziny Wendorffów). W sierpniu 1939 roku został zmobilizowany (plutonowy podchorąży) i kampanię wrześniową odbył walcząc w szeregach 6 pułku piechoty Legionów po czym dostał się do niewoli, po czym znalazł się na robotach w Niemczech pracując jako elektryk w Stralsundzie. W 1941 roku, po zwolnieniu z robót, rozpoczął pracę w gospodarstwie rolnym w Bielanach w pow. grójeckim, po czym pracował w Podzisinie na terenie Wileńszczyzny. Po wkroczeniu Armii Czerwonej na teren Wileńszczyzny został aresztowany, udało mu się jednak uciec z transportu jadącego na wschód. W latach 1944–1945 działał w strukturach konspiracyjnych Armii KrajowejA. Wiliczkiewicz, Setna rocznica urodzin Profesora Zygmunta Ruszczyca, „Wiadomości Zootechniczne” 2014, nr 4, s. 192..