15 lipca 1918 r. w imieniu Tymczasowego Rządu Syberyjskiego prowadził negocjacje z Komuczem w sprawie wspólnej walki z bolszewikami. Dowodził rozbiciem sił Czerwonej Gwardii na zachodniej Syberii i przeprowadził skuteczną mobilizację do wojsk białych na Syberii, m.in. przymusowo wcielając do wojska mężczyzn urodzonych w 1898 i 1899 r. i organizując wojsko na zasadach surowej dyscypliny. We wrześniu 1918 r. stracił stanowisko dowódcy Armii Syberyjskiej na rzecz Pawła Iwanowa-Rinowa, w związku z faktem, iż jego koncepcje dalszego działania białych różniły się od zamierzeń wspierających ich przedstawicieli Ententy.
W związku z utratą stanowiska wyjechał z Omska i dołączył do Armii Ochotniczej gen. Antona Denikina, który powierzył mu misję tworzenia nowych oddziałów białych w Jassach. Główną przyczyną, dla której Denikin powierzył to zadanie stosunkowo niższemu stopniem i mniej doświadczonemu od innych białych dowódców oficerowi, był fakt, że Griszyn-Ałmazow posiadał aktualne informacje o sytuacji białych na Syberii i brał już tam udział w walkach z bolszewikami.