6 listopada 1939 roku został aresztowany razem z innymi profesorami w ramach Sonderaktion Krakau. W sali 66 im. Mikołaja Kopernika (obecnie sala 56 im. Józefa Szujskiego) Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego gestapo aresztowało 142 profesorów UJ zebranych na wykład SS-Obersturmbannführera Bruno Müllera: „Stosunek Rzeszy Niemieckiej i narodowego socjalizmu do nauki i uniwersytetów”. Razem z nimi aresztowano profesorów Akademii Górniczej odbywających swoje zebranie w jednej z sąsiednich sal i przypadkowych interesantów, w sumie 183 osoby.
Kozaka osadzono w koszarach przy ul. Mazowieckiej w Krakowie, skąd został wywieziony do więzienia we Wrocławiu, a następnie przeniesiono go do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. 8 lutego 1940 roku został zwolniony z obozu. Wrócił do Krakowa. Ze względu na uszczerbek na zdrowiu, jakiego doznał w obozie, zmarł 11 lutego 1941 roku.