W maju 1939 podjął się próby negocjacji z III Rzeszą, co zaowocowało podpisanym miesiąc później paktem o nieagresji, który nie poprawił sytuacji pomiędzy Estonią a Niemcami, które nie miały zamiaru przeciwdziałać kolejnym żądaniom Związku Radzieckiego wobec Estonii. Sytuacja pogorszyła się we wrześniu 1939, kiedy upadek Polski oznaczał kolejne wpływy Związku Radzieckiego w Estonii. 28 września 1939 podpisał wymuszony układ ze Związkiem Radzieckim, oznaczający de facto oddanie państwa pod kuratelę Stalina. Układ ten doprowadził do upadku rządu Karela Eenpalu oraz dymisję Seltera, który został wysłany do Genewy, by objąć tam funkcję ambasadora Estonii przy Lidze Narodów. Dzięki temu udało mu się uratować życie, ponieważ pozostali członkowie ostatniego, przedwojennego rządu Estonii padli ofiarą mordów NKWD. W czasie II wojny światowej utrzymywał kontakt z estońskimi dyplomatami. Na wieść o tym, że państwa zachodnie nie uznają jego statusu dyplomatycznego, opuścił w 1946 Genewę. Później pełnił funkcję nieformalnego przedstawiciela Estonii przy rządzie RFN.