W rozkładzie jazdy na 2019 rok dalekobieżne połączenia krajowe obsługiwały SBB, jednak od 2020 roku przyznano koncesję na obsługę jednej trasy spółce oraz dwóch spółce BLS. SBB Personenverkehr uruchamiają krajowe pociągi dalekobieżne kategorii InterCity (IC) oraz InterRegio (IR). Do ich obsługi wykorzystywane są głównie elektryczne zespoły trakcyjne takie jak , ETR610, EC250, czy też IC200. Ponadto Szwajcaria ma połączenia kolejowe z krajami sąsiednimi poprzez współpracę SBB z zagranicznymi spółkami kolejowymi. Są to połączenia pociągami TGV Lyria do Francji, ICE do Niemiec, Railjet do Austrii oraz EuroCity do Włoch.
Oprócz powyższych połączeń na terenie Szwajcarii Rhätische Bahn uruchamiają dwa pociągi dalekobieżne składami wąskotorowymi – Bernina Express oraz Glacier Express.
Regionalne przewozy kolejowe na terenie Szwajcarii są obsługiwane przez różnych przewoźników, z czego największymi z nich są SBB Personenverkehr, BLS oraz Rhätische Bahn. Uruchamiają oni połączenia w kategoriach Regio (R), (RE) oraz aglomeracyjne połączenia S-Bahn. Systemy S-Bahn w Szwajcarii funkcjonują w Argowii, Bazylei, Bernie, Lucernie, St. Gallen, Zurychu oraz Zug.