Jednak kilka lat później, dzięki interwencji papieża Innocentego III, akt ten został unieważniony, a kościół powrócił pod zarząd duchowieństwa świeckiego. Spory jurysdykcyjne zakończyły się dopiero w 1299 roku, kiedy ostatecznie osiągnięto porozumienie między obiema parafiami co granicy i podziału dziesięciny. W 1342 roku parafia została przypisana przez papieża Jana XXII do patriarchatu Grado i afiliowana do macierzystego kościoła San Silvestro I papa, weneckiej siedziby patriarchy. Stopniowo patriarcha uzyskał również kanoniczne prawo do mianowania proboszcza San Bartolomeo, prerogatywy wcześniej wykonywanej przez samych parafian. Patriarchat Grado został zniesiony w 1451 roku, a jego uprawnienia (w tym jurysdykcja i prawo do wyboru proboszcza kolegiaty San Bartolomeo) przeniesione na nowo utworzony patriarchat Wenecji.
W 1623 roku rozpoczęto przebudowę i rozbudowę kościoła w formie klasycznej na planie krzyża łacińskiego. W 1723 roku podjęto kolejną przebudowę kościoła, prawdopodobnie pod kierunkiem Giovanniego Antonia Scalfarotta;