Zorganizował tam tymczasową kaplicę (w Domu Ludowym im. Ignacego Mościckiego), zbudował plebanię oraz przystąpił do budowy kościoła, który w stanie surowym, jeszcze przed wybuchem II wojny światowej został pokryty dachem. Budową kościoła kierował społeczny komitet, który wyemitował specjalnie na ten cel okolicznościowe cegiełki. Ks. Jan Chrabąszcz w tym czasie udzielał się także w Towarzystwie Popierania Budowy Publicznych Szkół Powszechnych, spółdzielni spożywców oraz Lidze Obrony Powietrznej i Przeciwgazowej.
Kampania wrześniowa 28 kwietnia 1939 został mianowany kapelanem rezerwy ze starszeństwem z 1 stycznia 1939 i 389. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiego.
Otrzymał przydział do 2 Pułk Ułanów Grochowskich im. Generała Józefa Dwernickiego, który stacjonował w Suwałkach, a następnie – już w czasie kampanii wrześniowej – do Brygady Kawalerii „Plis”. We wrześniu 1939 pułk przebył szlak bojowy w składzie Suwalskiej Brygady Kawalerii prowadzącej walki z Niemcami, wchodząc w skład Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Narew”. W pierwszej dekadzie września uczestniczył w obronie Wizny. Jego szlak bojowy zakończyła 5 października 1939 bitwa pod Kockiem. W następnym dniu brygada złożyła broń i ruszyła w kierunku Modlina. Za udział w kampanii wrześniowej ks. kpt.