W 1939, po rozpoczęciu wojny, był zmuszony udać się do Huty Stepańskiej, gdzie pełnił rolę proboszcza. Po 1941, po pierwszych atakach banderowców, wspierał twórców ośrodków samoobrony i wraz z innymi wydostał się z okrążenia i udał do Kowla, gdzie również był proboszczem. Po ewakuacji do Lublina odmówił profesury na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim i oddał się do dyspozycji biskupa Adolfa Szelążka. W 1944 wrócił na Wołyń i był jedynym księdzem diecezji łuckiej, który powrócił tu z zachodu. Biskup Szelążek ustanowił go administratorem diecezji żytomierskiej. Za ochronę polskiej ludności przed banderowcami w Hucie Stepańskiej odznaczony został Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami.
10 stycznia 1945 został aresztowany przez NKWD pod zarzutem zdrady na rzecz Watykanu (razem z nim aresztowano biskupa Szelążka i sześciu innych księży). Śledztwo w Kijowie trwało sześć miesięcy. Na wyrok oczekiwał ponad rok. W lipcu 1946 został skazany na dziesięć lat więzienia. Najpierw osadzono go w Charkowie (rozładowywał tu wagony), a potem, z kryminalistami, w Mordowii. W zimie 1947 trafił do Workuty, skąd zwolniono go w grudniu 1954. Odmówił powrotu do Polski i ponad pół roku oczekiwał na wskazanie miejsca zameldowania.