Czasami naprawiali również drogi, ogrodzenia i fortyfikacje.
W umowie pokojowej zapisano, że oficerami batalionów mają być maltańscy szlachcice, wyznaczeni przez wielkiego mistrza. Jednakże Ball osobiście wybrał dwóch pro-brytyjskich maltańskich szlachciców, markiza Paolo Parisiego oraz hrabiego Luigiego Marię Gatto, na stanowiska dowódców odpowiednio 1. i 2. batalionu. Nie nadał im patentów oficerskich, aby nie naruszyć postanowień traktatu. Ruch ten został skrytykowany przez Francuzów, i w końcu w 1803, po wielokrotnych złamaniach różnych warunków traktatu, zarówno przez stronę francuską, jak i brytyjską, wybuchły wojny napoleońskie.
Liczba żołnierzy w Maltese Provincial Battalions mocno się uszczupliła w 1805, kiedy wielu mężczyzn zrezygnowało, aby służyć w nowo utworzonym Royal Regiment of Malta. 18 lipca 1806, w wyniku wybuchu magazynu prochu w Birgu, zginęło 23 mężczyzn z 2. batalionu. W październiku 1806 to, co pozostało z dwóch batalionów, zostało połączone w jeden, bazujący w forcie Manoel, i dowodzony przez Parisiego. Ponieważ mężczyźni zgodzili się na co najwyżej pięcioletnią służbę, powstały plany rozwiązania batalionu. Jednakże Ball był temu przeciwny, i w 1807 odnowiono warunki służby, co uczyniono powtórnie w 1812. W 1811 Parisi podał się do dymisji, zastąpił go hrabia Luigi Maria Gatto, były dowódca 2.