Jako silnie zmienione części wód mogą być wyznaczone takie jcw, które zostały przekształcone przez człowieka, stopień przekształcenia jest znaczny, a samo przekształcenie trwałe. W celu wyznaczenia jcw jako silnie zmienionej, zarządzający wodami musi zidentyfikować cel, w jakim została ona przekształcona. Lista celów nie jest zamknięta, a jako typowe podane są przeznaczenie do żeglugi lub rekreacji, piętrzenie na potrzeby retencji, w tym gromadzenie wody ujmowanej do picia, elektrowni wodnej, irygacji, regulacja rzeki na potrzeby ochrony przeciwpowodziowej czy melioracji. Niewymienioną w dyrektywie, ale uznawaną za istotną w kontekście przekształceń hydromorfologicznych działalnością człowieka, jest urbanizacja. Wśród celów, jakie spełniają silnie zmienione części wód, mogą być również cele środowiskowe czy kulturowe. Tak jest w przypadku zbiorników zaporowych, które stały się siedliskiem dla organizmów, lub zabytkowych budowli hydrotechnicznych, przez co nawet, gdy pierwotna funkcja przekształcenia już nie jest istotna gospodarczo, usunięcie przekształceń byłoby szkodliwe z innych przyczyn.