Praca w firmach informatycznych W 1992 roku rozpoczęła pracę w Digital Equipment Polska jako educational manager, organizując Centrum Edukacyjne dla firmowych szkoleń technicznych. W roku 1996 przeszła do IBM Polska z podobnym zakresem obowiązków. W latach 1999–2000 pracowała w firmie TCH Systems SA, a następnie do roku 2004 w firmach Positive i ComputerLand, organizując Centrum Kompetencyjne Zarządzania. W latach 2004–2007 pracowała w firmie HP Polska jako government affairs manager, zajmując się regulacjami międzynarodowymi, w tym z Unią Europejską.
Działalność w środowisku zawodowym Małgorzata Kalinowska-Iszkowska jest od 1981 członkiem Polskiego Towarzystwa Informatycznego (PTI). W latach 2000–2011 była członkinią Zarządu Głównego oraz na przełomie roku 2006/2007 Sekretarzem Generalnym. W latach 2005–2011 reprezentowała PTI w Council of European Professional Informatics Societes (CEPIS), gdzie od roku 2008 była też wiceprezesem. Od 2015 roku była wiceprezesem, a latach 2017–2020 członkiem Zarządu Oddziału Mazowieckiego PTI. W latach 2020–2023 była Sekretarzem Głównej Komisji Rewizyjnej PTI.