XII wieku zostali podbici przez Japończyków.

Na przełomie XVII i XVIII wieku Ajnowie południowego Hokkaido stali się wasalami japońskich feudałów z klanu Matsumae i rozpoczęła się zgubna dla rasy ajnoskiej asymilacja z Japończykami, Rosjanami i NiwchamiAlfred F. Majewicz "Dzieje i legendy Ajnów".

Zależność od japońskich feudałów i wyzysk Ajnów powodowały niekiedy niewielkie zbrojne wystąpienia. Największe jednak powstanie wybuchło w końcu XVIII wieku (w 1781 r.), a po jego okrutnym stłumieniu na Hokkaido rozpoczęła się intensywna kolonizacja japońska, która w krótkim czasie doprowadziła do tego, iż Ajnowie stali się mniejszością.

W procesie negocjacji traktatu o przyjaźni rosyjsko-japońskiej w 1853 r. rząd japoński twierdził, że ziemie zamieszkiwane przez Ajnów są własnością Japonii, gdyż Ajnowie od zawsze byli jej obywatelami. Następnie siogunat rozpoczął działania mające na celu nakłonienie Ajnów do porzucenia ich kultury i dotychczasowego stylu życia oraz do asymilacji z Japończykami.