Podczas kampanii wrześniowej uczestniczył jako oficer w obronie Twierdzy Modlin, za co został odznaczony Krzyżem Walecznych. Podczas okupacji znalazł się wspólnie z żoną Alicją i synem Aleksandrem w warszawskim getcie. W 1943 udało mu się przerzucić żonę i syna na tzw. stronę aryjską. Później dołączył do nich. Został zadenuncjowany na Gestapo przez dawnego woźnego z Uniwersytetu Warszawskiego, lecz uniknął aresztowania. Ukrywał się przed Niemcami (przybrał nazwisko Jan Dębowski), uczestniczył w konspiracji (pseudonim „Dąb”, „Adam”). Brał udział w powstaniu warszawskim jako lekarz. Przebywał w tzw. Reducie Kaliskiej (budynek Monopolu Tytoniowego, ul. Kaliska 11), udzielał pomocy ludności cywilnej. Po kapitulacji powstania znalazł się w obozie przejściowym Dulag 121 w Pruszkowie. Organizował szpitale Rady Głównej Opiekuńczej.