Pod koniec panowania króla Ferdynanda VII w Hiszpanii narastał konflikt o podłożu ideologicznym i sukcesyjnym, który kilka dni po śmierci króla przekształcił się w wojny karlistowskie. Stronami konfliktu byli karliści – zwolennicy królewskiego brata infanta Karola Burbona, hrabiego Molina i liberałowie, zwolennicy królowej Marii Krystyny Burbon i jej nieletniej córki – dziedziczki tronu – Izabeli. Sebastian Gabriel wyjechał do Neapolu, gdzie poparł swojego szwagra Karola, który w 1838 ożenił się z jego matką. W czasie wojny brał udział w kilku bitwach, m.in. pod Oriamendi i w oblężeniu Bilbao.
Kiedy w 1855 zmarł Karol Burbon, a w 1857 także żona Sebastiana Gabriela (bezdzietnie), porzucił idee karlizmu i suplikował królową Izabelę II o pozwolenie na powrót do Hiszpanii i osiedlenie w Madrycie. Ożenił się z młodszą siostrą księcia małżonka Franciszka de Asís Burbon, Maríą Cristiną de Borbón y Borbón, z którą miał pięcioro dzieci. Odzyskał tytuł infanta i został zrehabilitowany, pozostając wierny królowej do końca życia. W 1861 odzyskał cenną kolekcję sztuki, która utracił w wyniku sekwestru dóbr w 1835.