Baptysterium zostało włączone w obręb większego kompleksu, który obejmował również klasztor, wymieniony przez Agnellego w żywocie arcybiskupa Sergiusza. W okresie egzarchatu baptysterium podlegało bazylianom, którzy przekształcili je w kościół pod wezwaniem Santa Maria in Cosmedin. Zyskało w tym czasie bogaty wystrój wnętrza. W XI wieku na terenie kompleksu zamieszkali benedyktyni, którzy pozostawali tam do 1441 roku. W połowie XV wieku kościół Santa Maria in Cosmedin został powierzony duchowieństwu świeckiemu, a pieczę nad nim papież Eugeniusz IV przekazał kardynałowi Bessarionowi. W okresie późniejszym świątynią opiekowali się kolejni prałaci lub urzędujący opaci. W XVI wieku pieczę nad obiektem przejęli bracia Baldassar i Corrado Grassi z Bolonii, przeprowadzając w nim ważne prace konserwatorskie. W drugiej połowie XVII wieku od zachodniej strony baptysterium wzniesiono budynek, zwany oratorium Krzyża, przekształcając baptysterium w jego apsydę, przez co całkowicie zatraciło ono swój pierwotny wygląd zewnętrzny. W XIX wieku baptysterium przeszło w ręce prywatne, a w 1914 roku zostało zakupione przez państwo włoskie. Podczas II wojny światowej kompleks poniósł ciężkie straty na skutek alianckich bombardowań. Po wojnie został odrestaurowany. Prace konserwatorskie przeprowadzone zostały pod nadzorem komisji ds.