Po ataku Niemiec na ZSRR, na mocy dekretu Rady Najwyższej z 28 sierpnia 1941 wysiedleni zostali Niemcy zamieszkujący jedynie Powołże. Jednakże 8 października 1941 Państwowy Komitet Obrony ZSRR uzupełnił go dodatkowym rozporządzeniem mówiącym o wydaleniu Niemców, którzy zamieszkują obszar Republik Radzieckich Gruzji, Armenii i Azerbejdżanu. Aresztowano 45 tysięcy osób, a następnie w okresie 15 października 1941 do 12 listopada tego samego roku zostali oni deportowani. Kolejne transporty przesiedleńców miały miejsce w 1942.
Odrodzenie życia społeczności ewangelickiej miało miejsce dopiero po 1991, początkowo posługi religijne zaczęły być sprawowane w Tbilisi, a następnie rozpoczęto działalność również w innych miejscowościach. W latach 1995–1997 został wybudowany Kościół Pojednania w Tbilisi z centrum parafialnym, a na przełomie 1998-1999 powstał dom zborowy w Rustawi, będący drugim co do wielkości zborem w kraju. W 1999 zbór w Bolnisi pozyskał budynek Domu Kultury Niemieckiej, a od końca 2000 własny lokal wynajmuje zbór w Gardabani. Od 2003 nabożeństwa domowe odbywają się również w Bordżomi.